独栋别墅屋顶渗水和外墙面干挂石材掉落已过保修期，可以申请住宅维修基金维修吗

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不可以，首先独栋别墅可以不缴纳维修基金的，因为一个物业管理区域内房屋只有一个产权人且与其他物业不存在共用部位、共用设施设备的，可不建立房屋专项维修资金。这种房屋后续的维修费用由产权人自己承担。
如果你是联排别墅，所有业主共同缴纳了维修基金的话那么你的屋顶漏水也不属于与其他物业的共用部分，因此不能申请。